Это не самое худшее. Колонизацию можно начать всё равно, причём с опорой на местную цивилизацию, что её ускорит. Её целью может быть не построение цивилизации, а только ремонт флота (хотя практической разницы мало).

Было бы хуже, если бы летели торговать, а оказалось не с кем.